ARP/wARPによるモデル構築

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CCP4iのModel BuildingのARP/wARP

automated model building starting from experimental phases を選ぶ
Dock the autotraced chains ...にチェックを入れ、after の後ろは、0 のままにしておく。
MTZ in にDMの出力ファイルを入れる。
Fobs に F を、PHIB に PHIDM を選ぶ。
Sequence in にアミノ酸配列の入ったファイルを入れる。拡張子は.pirで中身は次のとおり。
```
>sample

MGLSDGEWQLVLNVWGKVEADIPGHGQEVLIRLFKGHPETLEKFDKFKHLKSEDEMKASEDLKKHGATVL
TALGGILKKKGHHEAEIKPLAQSHATKHKIPVKYLEFISECIIQVLQSKHPGDFGADAQGAMNKALELFR
KDMASNYKELGFQG
```
NCBIのProteinでアミノ酸配列をサーチし、見付けたエントリーを(画面上方のタブを変更して)FASTA形式で表示させて、この画面をeditorに写し取り、タイトルと実際の配列の間に改行を１行いれて完成。
Required parameters では、There are の後ろにトータルのアミノ酸残基数を入れ、Do の後ろと、その後のカッコ内の数字が、それぞれ10と50になって入ることを確認する。Use for REFMAC5 the の後ろは「Fast」を選び、その右は「use」を選ぶ。(FreeRは指定しなくても(not useでも)可)
他は、変更せずに実行する。実行中にログファイルを表示していると、モデルが組み立てられていく様子が見られる。

実行後に得られる 29_warpNtrace.pdb (先頭の番号は任意)のようなPDBが組み立てられたモデルである。また、29_map_2mfoDfc_warpNtrace.ext、29_map_mfoDfc_warpNtrace.ext がそれぞれ、2Fo-Fc、Fo-Fcのフーリエ図なのでturbo に読み込ませて見ることができる。なお、出力MTZは、29_warpNtrace.mtz のような名前で、位相が入っている。

注意点など

ARP/wARPでWillsonplotが悪いなどと文句を言われる件は、いつものことなので、continueとacknowledgeを連打して下さい。

この件については、E. Dodson先生が、作者に文句を言ったようで、(Dodson先生は、自分のコンピュータのディスプレーに、この表示が出るたびに画面に向かって「Stupid Program !!」と叫んでいたらしい)、最新バージョンのARP/wARPのプログラム更新履歴(ARP/wARPのHPにある)のところに、E. Dodsonをhappyにするために、この点を修正したと、名指しでかかれています。

ARP/wARPでのモデル構築の続行の方法

Run ARP/wARP for のところで automated model building starting from existing model を選ぶ
MTZ in は、最初のモデル構築のときと同じもの
Starting model in のところに、最初のモデル構築でできたモデル「88_warpNtrace.pdb」(この例で番号88はCCP４iのJob 番号)を入力。
Sequence in は、最初のモデル構築のときと同じもの
Required parameter も最初のモデル構築のときと同じ

でうまくいくはずです。

実際に、ARP/wARPの続きをやるときは、最初のARP/wARPをRerunで呼び出して、Run ARP/wARP forのところを換えたのち、Starting model in のところでBrowse, dateで一番上に来るpdbファイルを迷わず入力して、即 Run すればＯＫです。