shelxdの出力PDBファイルのHAファイルへの変換

CCP4iのCoordinate UtilitiesのConvert Coordinate Formats

Convert file in 側をPDBに、to 側をCCP4 HA formatにする。
Inにshelxdの出力PDBファイルを、Outに拡張子.haをつけたファイルを指定する。
格子定数が自動的に入らなかったときは、入力する。

なお、モデルを組んだ後の重原子とPDBの対応のCheckのために、shelxdの出力PDBファイルの代わりに、分子モデルのPDBのイオウ原子のみを集めたファイルを入力しても良い。 このとき、PDBファイルに格子定数やマトリックス等のヘッダー部分が含まれているように工夫すること。

haファイルを書き直す

haファイルを開いて、BFACの左の数字(Anomalous Occupancy)を0.0から1.0に全て書き直す。

変更前

 ATOM1    S     -0.36403  -0.41311   0.06376    1.00 0.0 BFAC     20.000
 ATOM2    S     -0.28115  -0.44823   0.33654    0.45 0.0 BFAC     20.000
 ATOM3    S     -0.24394  -0.46069  -0.14093    0.36 0.0 BFAC     20.000

変更後

 ATOM1    S     -0.36403  -0.41311   0.06376    1.00 1.0 BFAC     20.000
 ATOM2    S     -0.28115  -0.44823   0.33654    0.45 1.0 BFAC     20.000
 ATOM3    S     -0.24394  -0.46069  -0.14093    0.36 1.0 BFAC     20.000